Агент SkyDNS привязывается к порту 53, который используется серверами DNS, на локальном адресе 127.0.0.1 и прописывает этот адрес в качестве адреса DNS сервера в сетевых настройках при установке. Поэтому работа на одном компьютере агента SkyDNS и сервера DNS невозможна. В вашей организации необходимо запускать сервер DNS и агент SkyDNS на разных физических серверах или виртуальных машинах.